Erik Naggum is dead. Xach posted an excellent compilation of Erik's best moments.

We now have some ultra-simple documentation on the policies which GNOME uses to handle the RANDR extension. What happens when I hit Fn-F7 to switch displays? What happens when I plug in a monitor? How does GNOME manage to remember your RANDR configurations?

I have been toying with the idea of holding a really informal BoF during GCDS for the hippie treehuggers among us. It would be a mish-mash discussion of peak oil, urbanism, architecture, gardening, permaculture, urban agriculture, and all that. What do you think? Mail me to see if we would have a suitably-sized group. Think informal, as in people sitting on the beach talking about how to make their compost heap work, not a session in an air-conditioned auditorium.

I've been giving some love to the GTK+ file chooser.

Actually, that's not quite accurate. People have been sending lovely patches, so I've been getting off my ass to review those patches.

• The file lists shouldn't jump up and down when you switch to recent or search mode (patch by Milan Bouchet-Valat).
• Don't show backup files (patch by Milan Bouchet-Valat).
• Make it harder to create folders named "Type name of new folder" (patch by Milan Bouchet-Valat).
• Don't show errors when the default starting folder doesn't exist (patch by Milan Bouchet-Valat).
• Remember the sort state of the columns (patch by Benjamin Gramlich).
• Make Backspace work again to switch to the parent folder (patch by me, just to pretend that I'm not slacking).

In other news, I'm making Sabayon use Xephyr instead of Xnest for its child session window. Currently a bunch of apps crash under Sabayon because they don't handle the missing X extensions that Xnest lacks.

Fedora has a patch which simply does s/Xnest/Xephyr. That makes Sabayon work quite well, but for some reason you cannot type anything at all in the session window. Xephyr is not even getting keyboard events. Sabayon has some esoteric code to deal with focus switching and to send keyboard events to the child session... I'm trying to see why that doesn't work with Xephyr, but it works fine with Xnest.

No more Board for me

I just sent the following mail to the opensuse-project mailing list:

As you know, I have been part of the openSUSE Board for a few months now, thanks to your kind election. However, work and other duties have kept me too busy to be a useful part of the Board.

I would like to step back from my duties in the Board, and cede my post to Stephen Shaw (known as decriptor on IRC). Stephen has been very active in the openSUSE community, and I am sure that he will be a much better Board member than myself.

However, this does not mean that I will stop working on openSUSE! I am part of the openSUSE-GNOME team, and will keep working happily on the technical side of things there.

Please welcome Stephen as the new Board member, and thanks for all.

RANDR and suspending laptops

Consider this scenario:

1. You plug an external monitor to your laptop.
2. You disable the laptop's LCD, enable the external monitor, and close the laptop's lid to work.
3. You suspend your laptop, unplug the monitor, and take the laptop home.
4. You open your laptop.

Until yesterday, you ended up with a black screen, as nothing ever detected that you had unplugged the only active monitor. Fixing this was a bit fun.

First, the X server needed to re-probe the video outputs when the laptop comes back from suspend. X then sees if the monitors have changed. If so, it sends out the corresponding RANDR events to clients.

On the GNOME side, gnome-settings-daemon is responsible for handling RANDR events. X just says, "the monitors changed; now do something about that". Gnome-settings-daemon sees if it needs to enable certain video outputs if they got connected, or disable the ones that got disconnected. In the end all of gnome-desktop, gnome-settings-daemon, and gnome-control-center needed changes for this. The randr-hotplug branches for those modules are now merged into master.

Like many things in X, the RANDR machinery maintains a few timestamps that it uses to avoid race conditions. An X client is not allowed to change the RANDR configuration if its view of the world is out of date — for example, if monitors have been plugged or unplugged since the last time that the X client queried the state of the monitors.

Also, you can use those timestamps to distinguish between RANDR events that get generated when *you* change the RANDR configuration, from those that happen due to the user plugging/unplugging things. Gnome-settings-daemon uses the RANDR timestamps for that purpose.

It turns out that X was maintaining the RANDR timestamps incorrectly. Keith kindly fixed this.

Little bugs have been surfacing from all of this. The Intel video driver didn't detect VGA outputs correctly. XRRSelectInput() doesn't work as advertised. RANDR notifications are probably broken for X clients with byte ordering different from the server's.

The most important part of this is that gnome-settings-daemon now absolutely requires an X server with the fixes for the RANDR timestamps. Unfortunately, I don't know of a way at runtime to detect whether this is the case. If you have a buggy X server, you'll get lots of RANDR weirdness.

On the good side, all of this also means that GNOME is ready to receive hotplug events from X whenever that is actually made to work. In the ideal case, you should not need to tell your machine that a monitor got plugged or unplugged; it will just detect it and do the right thing.

Git tip of the day: Sandy asked how to cherry-pick a range of commits, instead of cherry-picking them one by one. Assuming FROM and TO are the first and last commits in that range, and mybranch is where you want to apply those commits, you can do this:

git format-patch -n --stdout FROM^..TO > /tmp/patchety-patch
git checkout mybranch
git am /tmp/patchety-patch

"FROM^" means "the parent commit of FROM", as git format-patch takes a range of commits in the same way as git diff.

"git am" means "apply mailbox" --- it takes an mbox file with patches, which you just generated from the format-patch command, and applies the patches in sequence as individual commits.

By the way, "git format-patch" is my new favorite way of generating patches for inclusion in RPMS. This way you can preserve patches with history, instead of having everything collapsed together into a single big blob of a patch.

Where does the water come from?

I mean, there's no water here.

A little room for a little Luciana.

These are melons which are quickly growing in our guerrilla-gardened sidewalk. Each of those is about 10 cm in the major axis right now; if all goes well, they should grow into full-size melons within a few weeks.

Around the beginning of March I digged up a hole in the unpaved sidewalk across the street, filled it with good soil (it's mostly claypan there), and transplanted a small citrus tree we had in a pot (we think it's an orange tree, but we're not 100% sure yet, as it hasn't flowered). We planted a couple of melon seedlings around the tree, some beans, and herbs. I had read that cucurbits grow quickly, but the melons are just amazing. The stems crawl wherever they can, and the longest one must now be about two meters long — in just about six weeks.

One poor melon grew where I didn't see it until today. Melons start to rot when they touch the ground, as they can't stand the moisture.

To avoid this, I put little inverted plant pots under the other two melons, to keep them from touching the ground. Let's see if that works.

We also have strawberries in a raised bed beside the orange/melons/etc. Someone who wakes up way earlier than us has decided that they should pick the strawberries during their morning walk. Our neighbor spotted them once already. Sigh.

Those brown leaves under the strawberries are a layer of dry bamboo leaves, used as mulch. They work fantastically well during the dry season to help the soil conserve moisture; the layer of leaves prevents evaporation due to the sun. Before putting that layer of leaves above the soil, it was almost always quite dry; we had to water it about three times a week. Now we scarcely have to water it once a week if it doesn't rain. The leaves eventually decompose into a nice compost. We get those leaves for free from the wild bamboo that grows behind our house.

This is a beautiful house.

Yesterday I asked about how to make Firefox open new tabs to the right of the current tab, instead of at the end of the tab list. Several people mailed me about the Tabs Open Relative add-on, which does exactly this. Thanks, Mads, Andrew, Duncan, Olivier!

Then, Blizzard mailed me about the Tree Style Tabs add-on. You can put tabs on the top/bottom/left/right of the page view, but the interesting thing is that it shows the hierarchy of how you browsed into subpages:

This makes my day.

A brief history of programming languages.

Dear lazyweb: When you middle-click a link in Firefox, you get a new tab with that link, but you get it at the *end* of all your tabs. Epiphany puts the new tab directly to the right of the original tab. Is there a way to make Firefox do the same?

Git tip of the day: I want to see the patches for the commits where the string "blahblah" changed, in branch foobranch, but only in the file src/eek.c.

git log -p -Sblahblah foobranch -- src/eek.c

-p means "show me patches as well, not only the commit messages"

The -S option means "show only commits where the specified string appears". If you want a regex rather than a substring search, specify --pickaxe-regex as well.

For my paranoid Spanish-speaking readers, here is a super-quick, super-messy translation of Terry Jones's post on pandemic influenza.

Para mis paranoicos lectores hispanoparlantes, aquí va una traducción rapidísima y cochina del artículo de Terry Jones sobre la influenza pandémica:

NOTA: Yo no sé nada de la influenza; sólo sé dónde comprar pañuelos desechables. No me mandes correo al respecto; esta es sólo una traducción. Si me mandas correo, te enviaré un mail con un virus de influenza.

Versión original en http://www.fluidinfo.com/terry/2009/04/26/a-few-comments-on-pandemic-influenza/

Algunos comentarios sobre la influenza pandémica

Aquí van algunas ideas sobre la actual epidemia de influenza porcina. Vienen de lo que se me ocurre - seguramente se me ocurrirán más cosas y las pondré en los comentario o en otro artículo. Me disculpo por la falta de ligas a otros sitios. Puede ser que regrese y las ponga.

Estoy a la vez calificado y no calificado para hacer algunos comentarios. Estoy no calificado porque ya no trabajo en el virus de la influenza, porque no soy un virólogo, porque no tengo información interna sobre la epidemia actual. Por otra parte, creo que puedo decir que sé de lo que hablo. Trabajé por algunos años en el virus de la influenza como parte del equipo de Cartografía de Antígenos de la Universidad de Cambridge. Le ayudamos a la Organización Mundial de la Salud a escoger la variedad H3N2 para la vacuna humana. He conocido a los dirigentes de 4 centros internacionales de la influenza y he estado en el Cuarto de Emergencias de la OMS en Ginebra - una fortaleza subterránea autónoma. Pasé mucho tiempo conviviendo y hablando con virólogos de la influenza. He leido todos los libros sobre la pandemia de 1918, lo que me da entendimiento retrospectiv sobre lo que ocurrió entonces, y tal vez algo de entendimiento sobre lo que podría ocurrir ahora.

Siento que es bueno que alguien como yo haga comentarios porque estoy fuera del mundillo de la influenza y la gente que está dentro es poco probable que diga mucho. La influenza es un tema muy politizado, en pocas palabras. La gente que trabaja en la comunidad de investigación de la influenza no va a querer hablar. Entonces debo dejar claro que los comentarios siguientes son sólo mis opiniones, y no representan las ideas de nadie más.

Voy a decir varios puntos que creo que son bastante sobrios - ni alarmistas, ni que menosprecian la situación - e intentaré dejar la especulación a un lado.

Además de los detalles del virus en sí, el lado social de una posible pandemia es sumamente interesante. Muy poca gente tendrá información realmente concreta, y los que la tengan sólo podrán dar sus mejores deducciones.

En una pandemia, o en algo que parece que podría ser una, rumores muy variados se dispersan por la población. Esto ocurrirá en una escala sin precentes en esta ocasión.

Según lo que sabemos, el virus no ha pasado aun mucho tiempo en humanos. Ya que lo haya hecho, comenzará a adaptarse de formas no predecibles. Puede volverse más virulento, o menos virulento. Puede desarrollar resistencia a los antivirales que actualmente son efectivos. La resistencia antiviral ha sido un tema de mucha preocupación por algunos años. Sabemos que el virus actual es resistente a la amantadina y la rimantadina, aunque el oseltamivir todavía es efectivo.

Si le preguntas a los virólogos cuál es la probabilidad de que haya otra pandemia, te responderán que es de 1.0. Es sólo cuestión de tiempo para que ocurra una. Es como una probabilidad diferente de cero en un proceso Markoviano. Cuando ocurre una pandemia, lo que se hace primero es de importancia crítica. En caso de la gripe aviar intentaron aislar inmediatamente a las aves potencialmente infectadas, detener la propagación del virus y su mutación y que se volviera susceptible de infectar a humanos. Cuando en efecto se introdujo en la población humana, hubo acciones rápidas para aislarlo, una vez más para reducir la propagación y el tiempo que tuviera el virus para adaptarse. En caso de la gripe aviar en humanos, hubo muy poca propagación aérea, y tenemos suerte de ello. Pero el virus actual parece ya tener esa propiedad, lo que lo hace muy preocupante.

Sería un milagro si la vacuna existente para epidemias diera cualquier protección para este virus. La vacuna humana en efecto contiene una variedad contra H1N1, pero es una variedad elegida con base en virus sacados de humanos hace muchos meses. La vacuna para epidemias se enfoca en evitar lo que se conoce como variación antigénica (antigenic drift) - la acumulación lenta de mutaciones puntuales en el virus. Las variedades pandémicas surgen del cambio antigénico (antigenic shift) en el que trozos grandes de material genético viral, a veces genes completos, se mezclan entre virus de influenza de especies diferentes. En una variedad pandémica algo del material genético y las proteinas que codifica es posible que nunca se hayan visto en un sistema inmune de humanos.

El kit estándar para prueba de influenza de la OMS no es muy útil para identificar esta variedad. Ya han publicado instrucciones avisando de falsos negativos.

Algunos aspectos de la epidemia actual son, para mí, muy preocupantes.

El director del Centro de Control de Enfermedades (de Atlanta) ha dicho, "hemos visto cosas que sugieren que el aislamiento del virus no es muy probable". Esto es decir algo muy franco. Creo que el gato ya se escapó de la bolsa. La cuestión es qué tan grave va a ser. Esto es imposible de decir justo ahora, porque no sabemos cómo va a ser el virus en el futuro, ya que haya tenido tiempo de mutar y adaptarse dentro de humanos.

En circunstancias normales toma más o menos 6 meses hacer la cantidad de vacuna necesaria para una epidemia mundial. Es un proceso largo y difícil que requiere que se cultiven toneladas del virus en huevos de gallina. Se debe identificar una variedad del virus para la vacuna, tiene que ser una que crezca bien en huevos de pollo (y esto incluye no matar al pollito). Aun bajo la alta presión de una pandemia potencial, hacer una vacuna nueva va a tomar meses. Para entonces, el virus puede haber evolucionado (a travez de mutaciones) y la vacuna puede ser menos efectiva. Nótese que en 1918 el virus mató a decenas de millones de personas durante un período mucho más corto que éste.

Redirigir los recursos mundiales de la influenza para atender una amenaza pandémica, necesariamente los desvía del trabajo en vacunas para epiedemia. La influenza epidémica mata cada año alrededor de 0.5M de personas. El no poder prestarle atención a tiempo a las variedades epidémicas también es malo.

El nuevo virus ha aparecido en varios lugares en los EUA durante los últimos días. Supongo que va a aparecer por todo el mundo durante los días siguientes, como máximo. ¿Qué hay para detenerlo? El virus se ha aislado en varias áreas diversas y en muchos casos es genéticamente idéntico. El virus de 1918 también apareció, en muchos casos sin explicación, por todo EUA. El libro "La pandemia olvidada de los EUA" (America's Forgotten Pandemic) es digno de leerse.

Hubo 3 oleadas de la pandemia de 1918/19. La primera fue en el verano de 1918 - muy inusual, pues la influenza normalmente cae a niveles extremadamente bajos durante el verano. Nótese que la epidemia actual también está fuera de temporada.

La pandemia de 1918 mató a gente con un patrón de edades muy inusual. En vez de tener picos sólo en los muy jóvenes y los muy viejos, hubo una gráfica de W, con un gran número de gente joven y saludable que normalmente no debió haber muerto de influenza. Hay varias conjeturas sobre el porqué de esto. El virus actual también está matando adultos jóvenes y saludables.

La descomposición social durante una pandemia es extraordinaria. Si has leido "La Gran Pandemia" (The Great Pandemic) de John Barry, tendrás idea de ello. "La pandemia olvidada de los EUA" también ayuda a dar una idea de lo que debió haber sido.

Nadie sabe cuánta gente murió en la pandemia de 1918. Los cálculos varían entre 40M y 100M, y se han incrementado a lo largo de los años. La influenza no es lo más fácil de diagnosticar (de ahí la categoría ESI - enfermedades similares a la influenza). También elimina la capa protectora de células epiteliales de la garganta, dejándote susceptible a infecciones oportunistas, como neumonía, que son las que con frecuencia terminan por matar.

Nadie sabe qué tan mala sería otra pandemia en términos de mortalidad. Los cálculos optimistas son de menos de una decena de millones. Alguien de la OMS sugirió un número mucho más elevado hace unos 4 años en el contexto de la gripe aviar, y ese número lo retractaron rápidamente. Jeff Taubenberger, que fue responsable de resucitar y secuenciar el virus de 1918 (una historia extraordinaria, contada en varios libros) ha publicado trabajos que dicen que 100M podrían ser posibles. Nadie sabe, y depende de muchos factores, que incluyen las características del virus, qué tan pronto se detecte, qué tan fácilmente se propague, qué virulento sea (obviamente), las medidas sociales que se tomen para combatirlo, resistencia antiviral, y otros factores.

No creo que nadie sepa cómo se combinarán los factores de conocimiento médico muy elevado y de viajes nacionales e internacionales muy frecuentes. Si el virus no aparece por todo el mundo dentro de una semana, voy a estar sorprendido. Los aeropuertos ya están monitoreando gente que llega de México, pero me imagino que ya es demasiado tarde y seguramente no se hace de forma global.

La historia dice que probablemente no debes creer nada que diga ningún político sobre la influenza pandémica. Hay una gran tendencia a desvalorar los riesgos. Hay muchos factores en juego cuando se comunica con el público. Puedes estar seguro que todo lo que dicen oficialmente la OMS y el Centro de Control de Enfermedades ha sido vetado y considerado muy cuidadosamente. Por otra parte, no hay razón para creer nada de lo que nadie te dice :)

Las mascarillas tienen una historia interesante, y se han vuelto ley en varias ocasiones. En 1918 ni siquiera sabíamos lo que era un virus, mucho menos qué tan diminutos son, entonces las mascarillas de gaza eran probablmente inútiles.

En conclusión, creo que diría que la cosa está de nuestras manos por el momento. Vamos a tener que esperar y ver qué pasa, y hacer nuestros mejores esfuerzos en el camino.

La gente que trabaja en influenza en el Centro de Control de Enfermedades y otros laboratorios internacionales es un equipo increíble de expertos. Han trabajando en este juego por mucho tiempo y trabajan extremadamente duro y generalmente se habla mal de ellos. Es de esperarse que la influenza sea un tema tan politizado, la responsabilidad es muy alta y la tendencia a la opacidad es comprensible. Contra toda la experiencia que hay, en el fondo hay un virus extremadamente complejo - gran parte de cuya conducta se desconoce, en especial en caso del cambio antigénico (antigenic shift), en especial cuando es tan joven, y en especial cuando no se sabe qué mutaciones cercanas son posibles en el espacio antigénico - esparcirse en un entorno mucho más complejo (nuestros cuerpos), y con nosotros desplazándonos e interactuando de formas extrañas en un mundo complejo y muy interconectado. Es milagroso que sepamos todo lo que sabemos, pero de muchas maneras no sabemos mucho.

Artículo original de Terry Jones.

Today is Git conversion day! Kristian is madly converting all the repositories in least-recently-used order (that is, the repositories which got commits recently get converted first).